1、血常规检查
发病早期外周血白细胞计数升高，痉咳期最为明显，常为（20～50)×109/L，其中以淋巴细胞为主，一般>60%，亦有高达>90%者，多为成熟的小淋巴细胞，是因淋巴细胞促进因子促使脾及其他淋巴器官释放至血的淋巴细胞增加，并使血中淋巴细胞进入毛细血管及淋巴管减少。有继发感染时中性粒细胞增高。
2、细菌学检查
（1)细菌培养：发病早期采用鼻咽拭子或咳碟法培养阳性率较高，发病第1周可达90%左右，以后逐渐降低，至第4周阳性率只有2%.鼻咽拭子法：是用棉拭子经鼻腔进人，取鼻咽部分泌物接种于培养皿中。咳碟法：当患者咳嗽时用含血培养基平皿置于距患者口部5～10cm处，待飞沫人平皿内，立即将咳碟送37℃温箱培养，目前认为鼻咽拭培养法优于咳碟法。
（2)单克隆抗体菌落印迹试验：用抗百日咳杆菌LPs和FHA单克隆抗体菌落印迹试验检测待检标本，与二者均呈阳性斑点反应者为百日咳杆菌。此法快速，48h可出结果，敏感性高，可用于早期诊断。
（3)荧光抗体法：用鼻咽拭分泌物涂片，或鼻腔黏膜压片，以荧光抗体染色检测特异抗原，在早期阳性率达75%～85%可协助诊断，但要注意有假阳性。
3、血清学检查
留取急性期和恢复期双份血清。用血凝抑制试验或补体结合试验方法，检测特异性抗体，主要用于回顾性诊断或不典型病例的辅助诊断；酶联免疫吸附试验可以测定百日咳特异性IgM、IgG、IgA抗体作为早期诊断的依据，对细菌培养阴性者更有意义。
4、分子生物学检测
用PCR检测患者鼻咽分泌物百日咳杆菌DNA，具有快速、敏感、特异的诊断价值。
5、嘌呤环化酶（AC)活性检测
此法最大的优点是快速，且阳性率高，用于早期诊断有较大前途。异性抗体，主要用于回顾性诊断或不典型病例的辅助诊断；酶联免疫吸附试验可以测定百日咳特异性IgM、IgG、IgA抗体作为早期诊断的依据，对细菌培养阴性者更有意义。
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