学院是2006年9月学校根据学科建设与发展需要组建而成的二级学院，其办学历史最早可追溯到1902年张謇先生创办的通海农学堂。1971年原江苏农学院调整设立植物保护、果树、蔬菜专业，1982年在全国农业院校中最早将果树、蔬菜专业合并为园艺专业，1987年增设观赏园艺专业。学院现有植物保护、生态学、园艺、园林（城市景观与规划设计）4个本科专业和植物保护（植物检疫）、植物保护(制剂管理与营销) 、园艺(都市园艺)3个专业方向。其中，园艺专业为省级品牌专业，植物保护专业为省级特色专业，且均为省级重点专业。
学院现有植物保护博士后科研流动站1个，植物保护一级学科博士点1个（含农业昆虫与害虫防治学、植物病理学、农药学、入侵生物与生物安全、园艺植物抗性及资源利用），植物保护和园艺一级学科硕士点2个，二级学科硕士点7个（农业昆虫与害虫防治、植物病理学、农药学、蔬菜学、果树学、茶学、观赏园艺学）。有扬州大学水生蔬菜研究室省级研究机构1个，扬州大学应用昆虫研究所、扬州大学经济林研究所、风景园林设计与旅游规划研究所及扬州大学城市有害生物防治研究所等4个校级研究机构，有实验农牧场、智能温室等校内实习场所及中国农科院等校外实习基地20余个，是中国银杏研究会挂靠单位。
学院拥有一支职称、年龄、学历结构合理、素质优良的师资队伍，有教职工74人，其中教授18人，副教授25人。博士生导师14人，硕士生导师63人（含校外）。目前有全日制在校本科生近1000人，博、硕士研究生近200人、外国留学生数名，成教生近300人。
学院一贯坚持理论联系实际的优良传统，在教学、科研、科技开发与科技成果转化等方面具有鲜明的特色和优势。现有国家级精品课程１门（昆虫学），省级一类优秀课程2门（植物病理学、昆虫学），省级特色专业（植物保护）1个，省级品牌专业（园艺）1个，校特色专业1个（园林），园艺、植物保护专业均为学校首批遴选的重点建设专业和江苏省十二五重点专业。“十一五”以来，学院共承担国家973、国家科技攻关和国家自然科学基金等国家级科研项目40多项，部省级科研项目50多项，总经费达6000多万元。不少研究领域或方向的科技成果处于国内领先水平或国际先进水平。近年来共承担省级教改课题2项，校级教改课题6项，先后取得各级各类教学成果奖20多项。
学院一直注重对外交流与合作，与中国科学院和中国农科院等科研单位有着密切的科研合作关系，并与美国、日本、澳大利亚、德国、荷兰、香港、斯洛文尼亚等国家和地区建立了良好的合作关系。
“十二五”期间，学院坚持以人才培养为根本，以学科建设为龙头，教学与科研并重，不断深化教育教学改革，加强学科建设和师资队伍建设，积极开展学术研究与学术交流，注重理论与实践相结合，服务社会经济发展，开展国际化人才培养工程，努力把学院建设成为教学、科研、科技开发与社会服务科学发展、和谐发展的研究教学型学院，为把扬州大学建设成为高水平大学作出更大的贡献。
| 专 业 | 学制 | 培养目标 | 开设的主要课程 |
| 植物保护 | 四年 | 培养具备植物保护科学的基本理论、基本知识和基本技能，能在农业生产、推广、管理及其它相关部门从事植保工作的技术与设计、推广与开发、经营与管理等工作的高级科技人才。 | 植物生理学、作物栽培学、生物统计与试验设计、作物遗传育种、普通昆虫学、普通植物病理学、昆虫分类学、农业昆虫学、植物病害诊断、农业植物病理学、植物化学保护、杂草防除、农药毒理学、有害生物综合治理等。 |
| 生态学 | 四年 | 培养具备生态学和环境科学的基本理论，具有生态工程的规划与评价、环境监测与管理等方面的知识与技能，能在事业、管理部门及教学、科研、大中型企业等单位从事生态工程的评价与规划、环境监测与管理等工作的复合型人才。 | 普通生物学、普通生态学、环境生态学、环境分析化学、生态信息技术、环境管理学、环境生态监测与治理、地理信息系统、环境工程学、绿色农业生态工程等。 |
| 园 艺 | 四年 | 培养具备园艺学及其相关学科的基本理论、基本知识和基本技能，能在农业、商贸、园林管理等领域或部门从事与园艺科学有关的技术与设计、推广与开发、经营与管理、教学与科研等工作的高级科技人才。 | 植物生理学、生物化学、遗传学、生物统计与试验设计、草本园艺植物栽培学、木本园艺植物栽培学、设施园艺学、园艺植物育种学、园艺昆虫学、园艺植物病理学、园林规划设计等。 |
| 园林（城市景观与规划设计） | 四年 | 培养具备园林规划设计、园林植物及其相关学科的基本理论、基本知识和基础技能，能在园林、交通、水利、城市规划等领域从事园林工程设计管理、经营与开发等工作的高级科技人才。 | 植物学、园林素描、园林渲染、园林设计、建筑力学与结构、园林建筑制图、城市绿地规划、园林绿化施工管理、园林植物遗传育种、景观生态学、园林树木学、园林树木栽培学、花卉学、草坪学、园林设计、园林工程、计算机辅助设计、园林建筑等。 |
| 植物保护(制剂管理与营销) | 四年 | 培养具备植物保护学和应用化学的基本理论，掌握常用化学品（农药、化肥等）的合成、加工、分析、生物测定、经营管理及应用技术，能从事农用化学品的生产加工、质量检验、推广营销及企业管理等工作的复合型人才。 | 植物化学保护、杂草防除、植物病理学、农业昆虫学Ⅱ、农药制剂学、农药检验与分析、农药合成原理、基础生物化学、仪器分析、物化与胶化等。 |
| 园艺(都市园艺) | 四年 | 培养具备园艺学及其设施园艺相关学科的基本理论、基本知识和基本技能，能在农业园区、商贸、园林管理等领域或部门从事与园艺科学和设施园艺有关的技术与设计、推广与开发、经营与管理、教学与科研等工作的高级科技人才。 | 植物生理学、生物化学、遗传学、生物统计与试验设计、草本园艺植物栽培学、木本园艺植物栽培学、设施园艺学、园艺植物育种学、园艺昆虫学、园艺植物病理学、园区规划设计等。 |
| 植物保护（植物检疫） | 培养具备植保、植检科学的基本理论、基本知识和基本技能，能在植物检疫和农业管理管理部门从事有害生物检测、检疫、管理等植物检疫类相关工作的高级科技人才。 | 植物生理学、作物栽培学、作物遗传育种、生物统计与试验设计、普通昆虫学、普通植物病理学、农业昆虫学、农业植物病理学、植物化学保护、植物病害诊断、昆虫分类学、植物检疫等。 |
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